Los intercambios en ciencias humanas y sociales con Asia del Este y del Sureste, con frecuencia se reducen a trabajos de algunos orientalistas especialistas en sociedades y civilizaciones específicas de la región pero, en un sentido más amplio, siguen siendo muy limitados y poco conocidos por el gran público.
La FMSH ha implementado desde los años 80 programas bilaterales con instituciones e investigadores de una región en la que habita más de la mitad de la población mundial.
Las actividades con la India del Programa India y Sudeste asiático dan cuenta de la vitalidad e intensidad de los intercambios con investigadores de este país. Con los países del Sudeste asiático, en cambio, aún se está en mora de fortalecer las relaciones. Por esta razón, la FMSH se encuentra en la búsqueda de interlocutores institucionales en países miembros de la ASEAN y en Corea, a través de los cuales pueda construir intercambios científicos sólidos.
Por otra parte, los resultados del Programa China confirman la importancia que la FMSH le concede a este país dentro de sus objetivos institucionales. Asimismo, los intercambios con Japón, que actualmente se limitan al marco del Programa Japón, están llamados a diversificarse. Diferentes instituciones japonesas han solicitado a la FMSH su participación en la implementación de investigaciones en red que permitan ampliar dichos intercambios.
En una perspectiva más amplia, las relaciones de la FMSH con Asia se están consolidando a través de la Red Asia IMASIE. Esta red, creada en 2001 con el apoyo de la FMSH, donde está albergada, pretende reunir investigadores y especialistas franceses y francófonos que trabajan sobre o en el continente asiático, en torno a programas multilaterales. IMASIE simboliza la voluntad de la Fundación de favorecer investigaciones temáticas transversales que involucren múltiples países. Un ejemplo de ello son las relaciones que se han construido entre los países de Asia central y el Programa Rusia y CEI.