Los intercambios con Colombia, que aunque cualitativamente importantes fueron escasos por muchos años, tienden hoy a intensificarse. La FMSH apoyó un proyecto sobre las mujeres, la violencia y el deporte y también organizó en Paris una jornada de estudios, en asocio con Beatriz Nates de la Universidad de Caldas en Manizales y titular de la cátedra de estudios colombianos Antonio Nariño del IHEAL,  que tuvo un enorme éxito.

Desde 2003 la FMSH alberga un joven equipo, el Grupo de Actualidad Colombiana (GAC), que organizó en mayo de 2004 el destacado coloquio internacional “Cultivos de uso ilícito en la región Andina”. Éste se realizó gracias al respaldo brindado por la FMSH que contribuyó a obtener también el apoyo de la UNESCO, el Ministerio de Asuntos Exteriores, la EHESS y los Verdes. GAC organiza regularmente conferencias con personas de la sociedad civil, políticos e investigadores comprometidos con el análisis y la resolución de problemas específicos de los países andinos.

Colombia podría constituir, por otra parte, una plataforma dirigida hacia los demás países andinos como Bolivia, cuya dinámica política es de indiscutible interés para las ciencias humanas y sociales en relación con el papel que éstas pueden jugar en el desarrollo del país.

La FMSH también se comprometió a fines del 2007 con la cátedra UNESCO sobre “Derechos humanos y violencia. Gobierno y gobernanza”, donde participará junto con la Universidad Externado de Colombia de Bogotá, la Pontifica Católica de Rio de Janeiro y la Universidade do Vale do Rio dos Sinos de Brasil y la  Universidad Carlos III de Madrid.