Los intercambios con Argentina se remontan a finales de la década de los 80. En lugar de limitarse a la Universidad de Buenos Aires, donde existe desde antes el Centro Franco-Argentino, la FMSH ha impulsado al máximo la consolidación de relaciones con las principales universidades de provincia.

De esta manera, en 2003 se firmó un convenio de cooperación científica con la Universidad de Cuyo de Mendoza, la asociación franco-cuyana creada por la rectora de esta institución Maria Victoria Gomez de Erice, constituye un soporte fundamental para la realización de las actividades de la FMSH en Argentina, con el apoyo de la oficina diplomática de Buenos Aires. Una de dichas actividades es, por ejemplo, el portal de intercambio estructurado en torno a los Archivos Audiovisuales de la Investigación.

A lo largo de los últimos años, los temas investigación de los investigadores argentinos invitados han incluido las noción de género y de ciudadanía, historia de las organizaciones políticas, sociología urbana, semiología, antropología de las poblaciones del Chaco y filosofía política. La calidad de los becarios argentinos recibidos permite proyectar intercambios en el largo plazo sobre temas de particular relevancia.