Los programas que sostiene la FMSH con América Latina, son la prolongación y desarrollo de programas de cooperación iniciados hace más de veinte años con Brasil y, a lo largo de la última década, con México y Argentina, y son basados en una larga tradición de contactos intelectuales y científicos entre estos países y Francia, y en una fuerte tradición de investigación comparativa.   

Se han realizado también algunos esfuerzos para estrechar los lazos con otros países de América Latina a través de invitaciones individuales y de proyectos puntuales, en particular con Bolivia, Chile, Colombia, Venezuela y Perú, y también con la región del Caribe.

Para llevar a cabo estos objetivos, la FMSH dispone actualmente de diferentes medios de acción que incluyen:

-    La gestión científica y técnica del programa Prefalc (Programa de cooperación regional con América Latina y el Caribe).

-    Los acuerdos bilaterales flexibles con las instituciones de educación superior e investigación, y con las instituciones nacionales de financiación de la investigación de los diferentes países : Argentina, Colombia, Chile, Méjico, Brasil.

Por otra parte, la Fundación sostiene algunas cátedras tanto en Francia, como la cátedra brasilera Sergio Buarque de Holanda, la cual ha servido de modelo para el desarrollo de tres nuevas cátedras latinoamericanas, como en Brasil, como la cátedra Charles Morazé.

En fin, la FMSH apoya la realización de la Feria del libro de América latina, cuya última versión tuvo lugar del 10 al 13 de mayo de 2007 en la Casa de América latina (Maison de l’Amerique latine) y la Embajada de Paraguay.