Los inicios de este programa se remontan a los años 80 cuando la emergencia de las comunidades científicas y universitarias más fuertes de los tres países del Magreb, creó las condiciones para una nueva cooperación, orientada esta vez a la investigación en las ciencias sociales en su conjunto (sociología, economía, historia, antropología ), y no únicamente a temas de investigación sobre el Magreb, para los cuales existían ya equipos especializados y redes basadas en relaciones de larga data. La FMSH empezó a invitar investigadores y a apoyar reuniones de trabajo, publicaciones y trabajos de campo, en particular a través del programa Awal sobre literatura oral beréber, fundado por Mouloud Mammeri y Tassadit Yacine.
Desde 1993, la FMSH también ha ayudado a investigadores argelinos a encontrar un lugar de acogida temporal o permanente en Francia para protegerse contra las amenazas que pesan sobre ellos. Paralelamente, ha puesto al servicio un programa que incluye la invitación de investigadores confirmados (de dos a cuatro meses de DEA por año), y el recibimiento y apoyo científico a jóvenes investigadores becarios de su gobierno o del gobierno francés. Cada año se presentan alrededor de 50 jóvenes de los cuales 20 o 25 cumplen las condiciones científicas (nivel y pertinencia de la investigación), administrativas (visa) y financieras (beca) necesarias, que les permiten establecer contactos y realizar estadías de investigación en Francia. La FMSH también ha extendido a las instituciones del Magreb su Programa de ayuda a las bibliotecas de investigación de los tres países, y su servicio de publicaciones ha participado dos veces en la Feria internacional del libro de Argel.
Gracias a la experiencia adquirida por la FMSH, la DRIC (hoy Dirección de relaciones europeas e internacionales y de la cooperación DREIC) del Ministerio de la Educación Nacional le solicitó, en octubre de 2001, que definiera, con base en una consulta amplia y libre a los investigadores interesados, un programa orientado a relanzar la cooperación franco-magrebí en ciencias humanas y sociales. Hasta ese momento, las solicitudes de PAI (proyectos de acción integral) venían sufriendo año a año, en parte por razones lingüísticas, una fuerte disminución cualitativa y cuantitativa.
El programa fue aprobado por el Ministerio de Asuntos Exteriores en el marco del Fondo de solidaridad prioritario, y recibió financiación por tres años (2005-2008). La FMSH coordina dicho programa actuando como “operador científico”. Dos convocatorias lanzadas en el 2005 permitieron seleccionar 24 proyectos de investigación y formación para la investigación, que asocian como mínimo un equipo francés y dos o más equipos representantes de por lo menos dos de los países del Magreb. Cerca de 150 equipos de las ambas partes están implicados actualmente en los proyectos en curso, que tocan todas las disciplinas de las ciencias humanas y sociales. La FMSH acaba de lanzar la segunda fase del programa: la preparación de un diccionario franco-árabe de ciencias sociales, con la ayuda de la Universidad Ibn Tofail Kenitra de Marruecos, del Instituto Nacional de Informática de Argel (INI), el Conservatorio Nacional de Artes y Oficios (CNAM) y la Universidad de Cergy-Pontoise.
Al término del programa se prevé realizar una nueva consulta para hacer el balance de resultados con el fin de definir las etapas siguientes de esta cooperación.






