A pesar de los lineamientos de investigación definidos en 1992, la FMSH tiene en la actualidad poca participación en África subsahariana y austral. Sin embargo, conserva allí cierta presencia a través de los programas que habían sido formulados:
África sub-sahariana
La FMSH había establecido inicialmente algunos vínculos de cooperación científica que asociaban investigadores africanos y franceses, y en general europeos, a través del modelo de intercambio fijado en el marco del programa de investigaciones sobre el Islam subsahariano. Estas relaciones fueron retomadas posteriormente por la Maison des sciences de l’homme de Nantes, perteneciente a la red conformada por las diferentes MSH.
África austral
Los programas de intercambio con África del Sur fueron desarrollados gracias a un acuerdo firmado en 1992 entre el Human Science Reasearch Council (HSRC) de Pretoria y el Instituto francés de África del Sur de Johannesburgo. Estos programas no han sido retomados.
África del Norte
Esta es la única región de África donde la FMSH tiene una presencia activa, a través del programa de cooperación Magreb-Francia.
