A la Fondation Maison des Sciences de l'Homme travaillent plus de deux cents collaborateurs. La FMSH est constituée de plusieurs services :
- Pôle scientifique (secrétariat scientifique, gestion des programmes, gestion des bourses,...)
- Services supports (Direction des services informatiques, Direction financière, Direction des ressources humaines, Direction logistique et immobilier, Direction du développement)
- Bibliothèque
- Editions de la MSH et diffusion
- Hébergement et accueil Maison Suger