Les débuts de ce programme remontent aux années 1980, quand l’émergence dans les trois pays du Maghreb de communautés scientifiques et universitaires plus fortes a créé les conditions d’une nouvelle coopération, centrée sur la recherche dans les différentes sciences sociales (sociologie, économie, histoire, anthropologie) et non plus seulement sur les recherches concernant le Maghreb, pour lesquelles existaient déjà des équipes spécialisées et des réseaux de relation fondés sur une longue connaissance mutuelle. La FMSH a commencé à inviter des chercheurs, et soutenir des réunions de travail, des publications et des recherches de terrain (programme Awal, initié par Mouloud Mammeri et Tassadit Yacine, sur la littérature orale berbère).
A partir de 1993, elle a aidé des chercheurs algériens à trouver en France un accueil temporaire ou prolongé leur permettant d’échapper aux menaces qui pesaient sur eux. Parallèlement, elle a mis en place un double programme d’invitations de chercheurs confirmés (de deux à quatre mois de DEA par an), et d’accueil et de soutien scientifiques pour de jeunes chercheurs bénéficiant d’une bourse de recherche de leur gouvernement ou du gouvernement français : sur la cinquantaine de demandes qu’elle reçoit à ce dernier titre chaque année, de vingt à vingt-cinq réunissent les conditions scientifiques (niveau et intérêt de la recherche), administratives (visa) et financières (bourse) nécessaires, et débouchent sur des séjours de recherche et de contacts en France. La FMSH a également étendu aux institutions du Maghreb son programme d’aide aux bibliothèques de recherche des trois pays. Son service des publications a participé à deux reprises au Salon du livre d’Alger.
Cette expérience acquise par la FMSH a conduit en octobre 2001 la DRIC (aujourd’hui DREIC) du ministère de l’Education nationale à lui demander de définir, sur la base d’une consultation large et libre des chercheurs intéressés, un programme de relance de la coopération franco-maghrébine en sciences sociales et humaines dont les demandes de PAI (Projets d’action intégrée) enregistraient d’année en année, en partie au moins pour des raisons linguistiques, la diminution qualitative et quantitative.
Ce programme a été approuvé et financé pour trois ans (2005-2008) par le ministère des Affaires étrangères dans le cadre du Fonds de Solidarité Prioritaire (FSP Maghreb) : la FMSH en assure la coordination comme "opérateur scientifique". Deux appels d’offres lancés en 2005 ont permis de sélectionner 24 projets de recherche et de formation à la recherche, qui associent tous au minimum une équipe française et deux équipes d’au moins deux pays différents du Maghreb, et souvent davantage : près de 150 équipes des deux rives sont aujourd’hui impliquées dans ces projets, qui touchent l’ensemble des disciplines des SHS, et sont en cours de réalisation. La FMSH vient de mettre en route, avec l’aide de l’Université Ibn Tofail Kenitra (Maroc) et de l’INI (Alger), ainsi que du CNAM et de l’Université de Cergy-Pontoise, le second volet du programme : la préparation d’un dictionnaire franco-arabe de sciences sociales.
Au terme de ce FSP, une nouvelle consultation est prévue pour faire le bilan des résultats de ce programme, et définir les étapes ultérieures de cette coopération.






