En dépit des orientations dégagées en 1992, la FMSH est actuellement peu présente en Afrique subsaharienne et australe. Elle y maintient une veille à travers ses programmes d’accueil.
Afrique subsaharienne
La Fondation avait tissée des réseaux de collaboration scientifique associant chercheurs africains et français et plus largement européens, suivant un modèle de coopération équilibrée qui avait été fixé pour un programme de recherches sur l'Islam sud saharien. Ces relations ont ensuite été reprises, dans le cadre du réseau des MSH par la MSH de Nantes.
Afrique australe
Des programmes d'échanges avec l'Afrique du Sud ont été développés grâce à l'accord signé fin 1992 avec le Human Science Research Council (HSRC) de Pretoria et une concertation avec l'Institut français d'Afrique du Sud à Johannesbourg. Ces programmes sont à reprendre.
Maghreb
Par contre, la Fondation est très présente en Afrique du Nord avec le programme de coopération Maghreb-France.
